2259 год
Уже пара десятков лет прошли с момента, когда вторжение путешественника из будущего- Нерона и последующее уничтожение им планеты Вулкан навсегда изменило баланс сил в Галактике. Совсем недавно был раскрыт и предотвращен заговор адмирала Маркуса и Хана Нунье Сигнха по "ускоренному началу войны Федерации Планет с Клиногнской Империей, на фоне которой Маркус заполучил бы аболютную власть в Федерации. Герои дня - капитан Кирк (на фоне последних событий уже официально восстановленный в ранге капитана корабля "Энтепрайз") и коммандер Спок получили свои награды и хвалебные речи. Корабль "Энтерпрайз" был восстановлен на верфях Земли, его экипаж пополнен и теперь корабль, возглавляемый легендарным капитаном наконец-то отправился в свою пятилетнюю миссию.

Но не все так гладко, как хотелось бы... Клингонская Империя еще ведет военные приготовления, вынуждая Федерацию и Звездный Флот поддерживать боевую готовность, Секция 31, лишившаяся высокопоставленного лидера все таки сохранилась, и все еще работает над своей амбициозной целью, все так же исповедуя принцип "результат оправдывает предпринятое действие". Кроме того, Галактика хранит еще много тайн и опасностей, которые только ждут тех, кто раскроет их и встанет на их пути....